Das Jahr 1933 brachte mit der Gleichschaltung der Presse und der Beschlagnahme und Eingliederung zahlreicher Verlage in den Pressekonzern der NSDAP zunächst empfindliche Einbußen. Dennoch behauptete sich das Munzinger-Archiv. Es war sein Glück, dass es seiner Natur nach nur der möglichst sachlichen, kommentarlosen Aussage und Berichterstattung dienen will. Ein paar Jahre hindurch konnte der Herausgeber seinen Dienst völlig frei halten von äußerem Einfluss, bis Ludwig Munzinger sen. 1936 - angeblich im Zusammenhang mit einer Biographie von Otto Strasser - in Untersuchungshaft genommen wurde. Eine Woche später wurde er ebenso plötzlich und ohne erkennbaren Grund wieder entlassen. Im August des gleichen Jahres beschlagnahmte die Polizei in Dresden Archivmaterial und Bibliothek. Munzinger sen., gerade im Urlaub in Süddeutschland, erreichte über Bekannte beim Propagandaministerium die Rückgabe. Offenbar half die Masche des harmlosen, zurückgezogenen und wissenschaftlich arbeitenden Archivars, der Gleichschaltung zu entgehen. Zwar musste Munzinger fortan auf eigene Kosten einen Zensor der örtlichen Propagandaleitung beschäftigen, doch die Arbeit der Redaktion blieb weitgehend unbehelligt.
1939 kamen die ersten "statistisch-politischen Blätter" heraus, Vorläufer des "Internationalen Handbuchs - Länder aktuell", das bis heute ein Standbein der Munzinger-Archiv GmbH ist. Ludwig Munzinger, damals über 60 Jahre alt, verfolgte den zweiten Weltkrieg ohne das, was ihn bewegte, seiner eigenen Chronik anvertrauen zu dürfen. Er tat es in seinen persönlichen Aufzeichnungen mit dem Titel "Sehenden Auges, verbundenen Mundes, gefesselt an Händen und Füßen". Als Dresden im Februar 1945 verbrannte, floh er mit seiner Familie zu bäuerlichen Freunden nach Ravensburg in Oberschwaben. An eine journalistische Arbeit war nicht mehr zu denken.
